宫颈柱状上皮异位不需要进行任何治疗，现在诸多治疗宫颈糜烂的方法，都是错误的。但对于有症状的宫颈炎，需要进行治疗。急性炎症用栓剂药物治疗，慢性炎症可以采用激光或者冷冻等物理治疗的方法。
主要为抗生素治疗。
(1)经验性抗生素治疗对有以下性传播疾病高危因素的患者(如年龄小于25岁，多性伴或新性伴，并且为无保护性性交)，在未获得病原体检测结果前，采用针对衣原体的经验性抗生素治疗。
(2)针对病原体的抗生素治疗对于获得病原体者，选择针对病原体的抗生素。由于淋病奈瑟菌感染常伴有衣原体感染，因此，若为淋菌性子宫颈炎，治疗时除选用抗淋病奈瑟菌药物外，同时应用抗衣原体感染药物。
(3)性伴侣的处理若子宫颈炎患者的病原体为沙眼衣原体及淋病奈瑟菌，应对其性伴进行相应的检查及治疗。
不同病变采用不同的治疗方法。对表现为糜烂样改变者，若为无症状的生理学柱状上皮异位无需处理。对糜烂样改变伴有分泌物增多、乳头状增生或接触性出血，可给予局部物理治疗，包括激光、冷冻、微波等方法，也可给予中药治疗或其作为物理治疗前后的辅助治疗。但治疗前必须经筛查排除子宫颈上皮内瘤变和子宫颈癌。
